"Je ne rencontre généralement que les plus pauvres et les plus démunis de tous, ceux qui sont tout en bas de l'échelle sociale, dont nous faisons partie, nous les femmes ouvrières. Pour ces personnes, l'espoir, l'élan, la vie sont possibles seulement dans une société entièrement nouvelle."
A une époque où les femmes étaient très rares dans le mouvement ouvrier ou y jouaient un rôle de second plan, Margarethe Faas-Hardegger fonda son premier syndicat en 1903, à l'âge de 23 ans. Deux ans après, elle fut la première femme nommée secrétaire de l'Union syndicale suisse. Cette fonction la conduisit à voyager dans toute la Suisse pour prononcer des discours et créer d'autres syndicats. Dans ses discours, elle dénonce les inégalités sociales et l'exploitation, dont étaient surtout victimes les femmes ouvrières. Grâce à ses talents d'oratrice, elle parvint à intégrer les ouvrières, qui avaient une attitude plutôt réservée, au mouvement ouvrier général. Elle fonda et dirigea deux revues qui s'adressaient directement aux ouvrières.
Les idées de Margarethe Faas-Hardeggers étaient jugées scandaleuses à l'époque : elle prônait ouvertement l'éducation sexuelle, la généralisation des moyens de contraception et le droit à l'avortement, elle militait pour la liberté sexuelle et contre le mariage et elle revendiquait la suppression de l'armée. Elle accueillit chez elle des Allemands ayant fui le fascisme et participa au mouvement de lutte pour la paix et les droits des femmes.
Son tempérament et ses idées non conventionnelles lui valurent d'être rejetée en particulier par son entourage. Elle perdit son poste de secrétaire syndicale, se brouilla avec des amis et obtint le divorce de son mari. Deux des syndicats qu'elle avait fondés cessèrent leur activité. Elle fut condamnée à un an de prison pour avoir aidé à pratiquer plusieurs avortements.
